旭川医科大学教育研究推進センター実験実習機器技術支援部門


Information

遺伝子解析 遺伝子解析装置室(実験実習機器センター2 2階)内線:2624、2625、2645      一覧に戻る
 担当職員:千葉(2645) 副担当:阿久津(2620)

利用法

 1. はじめて利用される方は、必ず担当者に装置の説明を受けて下さい。
 2. 一人で操作が出来るまで、一緒に操作いたします。
 3. 機器はすべて予約制です。予約表に必要事項を記入下さい。
 4. 予約のキャンセルは早めに担当者へ連絡して下さい。
 5. すべての機器のポリマー、バファー類の交換、メンテナンスは担当者が行います。
 6. 時間外の利用は機器の操作が熟知されている事を前提としています。
 7. 装置に異常が生じた時には、直ちに担当職員まで連絡して下さい。
(Ext:2645、E-mail:chichi@asahikawa-med.ac.jp)
 8. 装置使用後は必ず使用簿に必要事項を記載して下さい。
 9. 倫理委員会等に申請が必要な実験は予め申請をお願い致します。

DNA Sequencer(applied biosystems 3500ジェネティックアナライザ)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

レーザー  :  固体レーザー 505nm applied biosystems 3500ジェネティックアナライザ
電気泳動電圧  :  最大20kV
 

装置の概要

 1. キャピラリーへのポリマー自動充填により、面倒なスラブゲル作成は不要です。
 2. 自動サンプルインジェクションにより、連続解析を無人で行います。
 3. 8本のキャピラリーで同時に8サンプルのシークエンスが可能です。
96サンプルプレートを2枚連続でシークエンスできます。
 4. 50cmキャピラリー& POP-7 ポリマーで、ほぼ全ての用途・アプリケーションをカバーできます。
 5. ノーマライゼーション機能によるシグナルの均一性の向上、1200bpまでのロングフラグメント解析能など、フラグメント解析におけるパフォーマンスがさらに高まっています。
 シークエンス解析、フリーソフトのご紹介
  applied biosystems Sequence Scanner ソフトウェア

DNA Sequencer(applied biosystems 310ジェネティックアナライザ)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

検出ユニット  :  蛍光波長514~680nmまでをCCDカメラによりモニタ applied biosystems 310ジェネティックアナライザ
光学ユニット  :  アルゴンイオンレーザーによる励起
 :  波長488nmおよび514nm、出力10mW
電気泳動
 パワーサプライ
 :  電圧範囲100~15,000V
ゲルポンプ  :  ポンププレッシャー 1,800psi
 :  バキュウム 21in.Hg
 

装置の概要

 1. キャピラリーへのポリマー自動充填により、面倒なスラブゲル作成は不要です。
 2. 自動サンプルインジェクションにより、連続解析を無人で行います。
 3. サンプルチューブトレイには、48チューブまたは96チューブをセットできます。
 4. 特許の4色蛍光標識法は、1サンプル/1キャピラリの1回の泳動による精度の高いシーケンシングを実現します。
 5. DNAシーケンスでは、600 baseを2.5時間、400 baseならわずか1時間で決定します。
 3. CCDカメラにより多色蛍光シグナルを同時に検出し、目的の波長を抽出します。
 4. GeneScanおよびGeneMapper ソフトウェアとの組み合せにより、リンケージマッピング・突然変異検出・AFLPなどの豊富なアプリケーションに対応できます。
 5. フラグメント解析においては多色蛍光標識により、複数のサンプルとインターナルスタンダードを同時に泳動することができます。

次世代Sequencer Thermo Scientific (Ion PGM / Ion Chef(Research Support))
 遺伝子解析装置室(3) 内線:2645

利用に際し

 1. 先ずは、次世代Sequencerの使用についてご相談下さい。
 2. 事前打ち合わせにより、実験方法、費用(必要な試薬、半導体チップ、機器使用料)、実験予定をお知らせ致します。
 3. 機器のオペレーティングは全て担当職員が行います。
 4. 解析はイオントレントデータ解析の基本として、システム付属ソフトウェアTorrent Suiteをお使い頂けます。
 

説明書(サーモフィッシャーサイエンティフィックより抜粋)


次世代Sequencerデータ処理装置
 NGS解析ソフトパッケージ〜GWM15-S32 CLCbio ワールドフュージョン
 遺伝子解析装置室(3) 内線:2645

 

概要

 Genomics Workbench
 デスクトップ版ソフトウエア。様々なシーケンサからのデータのアッセンブル、マッピングに対応。de novo、reference mapping, miRNA解析、 変異同定、RNA-seq, ChIP-seq解析などに対応。


Agilent 4200 TapeStation(Research Support)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

利用に際し

 1. 事前打ち合わせにより、実験方法、費用(必要な試薬、半導体チップ、機器使用料)、実験予定をお知らせ致します。
 2. 機器のオペレーティングは全て担当職員が行います。
 

概要

 全自動ハイスループット電気泳動システム
 多検体のDNAおよびRNAサンプルを全自動でハイスループットに分析する電気泳動システムです。
 Ready-to-use の ScreenTape を使用するのでゲル充填等のチップ調製の必要が無く、よりハイスループットな分析を可能にします。
 Agilent 4200 TapeStation は、サンプルのロード、電気泳動、データ解析まで全自動で分析します。
 1~96サンプルまで自由に解析可能で、サンプルが少ない場合でも1サンプルから試薬など無駄なく使用できます。
 8連チューブ、96ウエルプレートに対応しており、次世代Sequencer、マイクロアレイ、qPCR等における多検体の DNA/RNA サンプルの品質確認に最適です。


デジタル PCR システム(Applied Biosystems QuantStudio 3D)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

概要

 チップベースのコンパクトなデジタルPCRシステム
 PCR 産物のゲル電気泳動を第一世代、リアルタイムPCR による定量的PCR を第二世代とすると、デジタルPCR の革新的な手法は第三世代といえます。
 このデジタルPCR は核酸の絶対定量を必要とするアプリケーションにおいて、リアルタイムPCR の限界を超える能力を提供する画期的な技術です。標準曲線を必要とせず、高感度・高精度な絶対定量を可能にする技術は、低濃度サンプルの定量やRare Variant の検出において、新しい解析手法として期待されています。
 QuantStudio™ 3D デジタル PCR システムは、拡張性に富んだチップを採用した新しいデジタルPCR システムです。


リアルタイム定量PCR装置(LightCycler® 480 System II)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

概要

 LightCycler® 480 System II
 ハイスループットな最上級性能のリアルタイム定量PCR装置
 LightCycler® 480システム IIは、多機能なリアルタイムPCR機器で、リアルタイムPCRのあらゆるニーズに対応できます。
 LightCycler® システムはシングルあるいはマルチプレックスPCRアプリケーションのための、優れたハイスループットのPCRプラットフォームです。
 この機器は一般的な研究室での使用にデザインされており、診断での使用は意図されていません。
 励起5波長、検出6波長と多彩なプローブフォーマットと、蛍光色素(HEX、FAM、Cy5、LightCycler Red 610、LightCycler Red 640)での高い柔軟性を持ち、マルチプレックス蛍光検出にも対応可能です。(PCR効率の違いによっては対応できない事もあります。


超微量紫外可視分光光度計(Thermo Scientific™ NanoDrop One)
 遺伝子解析装置室(2) 内線:2625

概要

 Thermo Scientific™ NanoDrop One
 Thermo Scientific™ NanoDrop™ One 超微量紫外可視分光光度計を使用すると、コストのかさむ実験のやり直しを防ぎ、サンプルの質をさらによく理解できます。Thermo Scientific Acclaro™(アクラロ)サンプルインテリジェンステクノロジーが標準搭載されているため、サンプル中のコンタミネーションを同定し、測定精度が向上しています。わずか 1.0~2.0µL の DNA、RNA、およびタンパク質サンプルを数秒で定量および定性評価し、フルスペクトルデータを取得した上で、そのサンプルをダウンストリームアプリケーションで使用するかどうかを判断することができます。